Das außergewöhnliche Kind speichert alle Düfte, welche er bereits kurz nach seiner Geburt in sich aufnimmt und legt sie in seinem Gedächtnis ab. Im Laufe des Buches erlebt Grenouille viele Momente, in denen das Nichtvorhandensein seines eigenen Körpergeruchs Menschen verstößt. Doch dann wird er in das Waisenhaus von Madame Gaillard gebracht. Diese zieht Waisenkinder auf und verdient so ihren Lebensunterhalt. Da sie seit ihrer Kindheit über keinen Geruchssinn und auch über kein Gefühl der menschlichen Wärme oder Liebe verfügt, kann sie seinen fehlenden Geruch nicht bemerken. Grenouille wächst trotz schlechten Essens und fehlender Liebe heran. Jedoch ist Grenouille bereits als Baby den anderen Waisenkindern mehr als nur unheimlich. So versuchen sie mehrmals, ihn zu ersticken, jedoch schlagen alle Versuche fehl. Grenouille ist sich seiner Gabe bewusst und beschließt die größte Sammlung an Gerüchen anzulegen, die es gibt. Er speichert jeden Geruch, den er riecht und legt ihn ab, allerdings unterscheidet er hierbei noch nicht zwischen guten und schlechten Gerüchen.
Als Grenouille acht Jahre alt ist, muss er das Waisenhaus von Madame Gaillard verlassen. Sie verkauft ihn an einen Gerber, einen Handwerker, dem Grenouille von nun an helfen soll. Grenouille arbeitet hart und so darf er sich in seiner freien Zeit in der Stadt bewegen. Er widmet diese Zeit der Suche nach neuen Gerüchen. Während dem Thronjubiläum des Königs ist Grenouille unterwegs und sucht nach neuen Düften, er findet jedoch zunächst keine, da die Menschen alle stinken und er diese Gerüche bereits gespeichert hat. Doch plötzlich steigt ihm ein Geruch in die Nase, welcher ihn völlig fasziniert. Er läuft dem unbekannten Geruch nach und findet dessen Ursprung bei einem Mädchen. Grenouille ist zunächst verwirrt, da er den Geruch der Menschen bereits gespeichert hat und nicht dachte, dass diese variieren können. Er möchte den Geruch des Mädchens für immer wahren, und so bringt er sie um. Allerdings ist dies noch keine Garantie, dass der Geruch erhalten bleibt. Grenouille ist verzweifelt als er merkt, dass sich durch den Tod des Mädchens, auch der Geruch verflüchtigt. Er setzt sich zum Ziel, dass er lernen muss, Gerüche für immer aufzubewahren.
Als er eines Abends Lederhäute des Gerbers an Herrn Baldini liefern soll, sieht er seine Chance, endlich einen Lehrmeister zu bekommen, da Baldini Parfümeur ist. Grenouille möchte den Beruf des Parfümeurs erlenen und versucht Baldini von seinen Fähigkeiten zu überzeugen, in dem er ihm eine Demonstration seiner Künste des Riechens gibt. Grenouille mischt dem Parfümeur einen Duft, ohne die Gerüche und Essenzen zu kennen. Der Meister ist erstaunt und so kauft er dem Gerber seinen Lehrling ab. Dass der Gerber kurz darauf in der Seine ertrinkt, ist ein weiterer schicksalhafter Tod während der Geschichte. Der Parfümeur Baldini lässt Grenouille bei sich arbeiten, der Junge mischt alle Düfte und kreiert neue Parfums, jedoch schweigt sein Meister in der Öffentlichkeit darüber, dass nicht er der Erschaffer ist, sondern sein Lehrling. Grenouille lernt währenddessen die Verfahren der Destillation. Er kann nun Düfte festhalten und sie bewahren. Er versucht, den Duft von Dingen wie Eisen oder Glas einzufangen, doch er versagt. Diese Erfahrung trifft ihn sehr hart, er zieht sich zurück und erkrankt an den Pocken. Kein Arzt weiß Rat und so sieht man Grenouille bereits als verloren an. Doch plötzlich erfährt der junge Lehrling, dass es in Grasse noch andere Duftgewinnungsverfahren als das Destillieren gibt, und er wird binnen kurzer Zeit wieder gesund. Nach dem Erhalten seines Gesellenbriefes reist er nach Grasse und möchte um jeden Preis jeden ihm bekannten Duft festhalten.
Nach Erhalt des Gesellenbriefes verlässt Grenouille Paris. Noch in der Nacht nach Grenouilles Abreise stürzt das Haus Baldinis auf der Brücke mit dem schlafenden Parfümeur in den Fluss.
Je weiter Grenouille aufs Land hinaus kommt, desto mehr ekelt ihn der Menschengeruch an. Schließlich findet er Unterschlupf auf einem Vulkanberg, dem Plomb du Cantal, in einer Höhle, wo ihm der Menschengeruch am entferntesten scheint. Sieben Jahre vegetiert er an diesem Ort und berauscht sich an den Düften, die er fest in seinem inneren „Palast der Düfte“ verschlossen hat. Eines Tages erwacht er aus einem Albtraum, in dem er sich selbst in seinem Duft ersticken sieht. Er erkennt, dass er keinen Eigengeruch hat und wird fast wahnsinnig bei dieser Vorstellung. So macht er sich noch am selben Tag auf den Weg in bewohntes Gebiet.
Grenouille macht sich auf den Weg nach Grasse, der Stadt, in der es neue Methoden und Verfahren zur Erhaltung eines Duftes geben soll. Er kommt bei Madame Arnulfi unter, die ihm die neuen Verfahren beibringt, Grenouille lernt mit Hilfe von Fett und anderen Hilfsmitteln, Gerüche zu konservieren. Er ist begeistert und macht sich an die Arbeit, alle ihm möglichen Gerüche mit dieser Methode festzuhalten. Bei einem Spaziergang durch die Stadt steigt ihm der Geruch eines Mädchens namens Laure, in die Nase. Der Geruch ähnelt dem Duft des Mädchens, das er in Paris ermordet hat. Doch Grenouille merkt, dass das Mädchen noch am Anfang ihrer Entwicklung zur Frau steht, und er nimmt er sich vor, wiederzukommen, wenn der Duft vollkommen ist.
Einige Zeit später herrscht Unruhe in der Stadt. Ein Mörder ist unterwegs, seine Opfer sind stets Mädchen von vollkommener Schönheit. Der Mörder hinterlässt die Mädchen nackt und mit geschorenen Köpfen. Nach 24 Morden endet die Serie für kurze Zeit. Doch ein reicher Bürger der Stadt, Antoine Richis, erkennt, das System der Morde, er weiß, dass seine Tochter Laure die Nächste sein wird. Er flieht mit ihr, aber der Mörder nimmt die Witterung auf. Es ist Grenouille. Er hat sich zum Ziel gesetzt die Düfte der Mädchen zu konservieren und so bleibt auch Laure nicht am Leben. Er tötet sie in einem Gasthof und reißt ihren Geruch an sich.
Grenouille kann als Mörder identifiziert werden. Doch auch als er gefoltert wird, bringt er nicht hervor, warum er es getan hat. Er gibt an, dass er die Mädchen zur Vollendung seiner Aufgabe gebraucht hat. Am 15. April 1766 wird Grenouille verurteilt. Am Hinrichtungstag, zwei Tage später, warten viele Menschen gespannt darauf, dass er gehängt wird. Doch Grenouilles Auftritt wird zu einem Spektakel der besonderen Art. Er öffnet eine Phiole des Geruches von Laure, den er in mühevolle Arbeit zusammen getragen hat. Plötzlich wird er von allen geliebt. Sie riechen seinen Duft, sind berauscht und völlig begeistert. Doch wird er nicht nur geliebt wie Gott, seine Göttlichkeit kommt auch in der Macht zum Ausdruck, die er über die Menschen hat: Die 10.000 Anwesenden, die beim Tod des gehassten Mädchenmörders anwesend sein wollten, feiern eine ausschweifende Sex-Orgie. Da sich alle Anwesenden an diesem Spektakel beteiligen, gibt es niemanden, der sich dieses Tages erinnern möchte. Grenouille wird begnadigt. Anstelle von Grenouille wird Dominique Druot, der Ehemann und ehemaliger Geselle der Madame Arnulfi, verhaftet und hingerichtet, da in seinem Haus Kleidung und Haare der vielen Opfer gefunden wurden.
Grenouille kehrt nach Paris zurück und setzt seinem Leben ein Ende. Nachdem er „das Parfüm“ in einer Überdosis aufgetragen hat, ist dessen Wirkung auf die Anwesenden so überwältigend, dass sie ihn für einen Engel halten, jeder ein Stück von ihm besitzen will und sie ihn schließlich zerreißen und essen.
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